Die Freie Waldorfschule Wahlwies enstand aus der Heimschule des Pestalozzi-Kinderdorfes in Wahlwies. Das Pestalozzi-Kinderdorf war schon kurz nach dem 2. Weltkrieg gegründet worden auf Initiative des deutschen Arztes Graf Adalbert von Keyserlingk und des Schweizer Musikhistorikers Erich Fischer. Das Kinderdorf sollte ein schützendes Dach bieten für Kriegswaisen und Flüchtlingskinder. Von Anfang an war daran gedacht, auch eine Schule ins Leben zu rufen, die nach den anthroposophischen Erziehungsgrundsätzen Rudolf Steiners ausgerichtet sein sollte.

An der Schulgründung beteiligt waren von Anfang Lehrer, die aus der anfänglichen Heimschule des Pestalozzidorfes eine Waldorfschule entwickeln wollten. 1975/76 wurden die bestehenden Doppelklassen in Jahrgangsklassen aufgeteilt. Die große Nachfrage an Plätzen konnte so besser bewältigt werden. In den nachfolgenden Jahren wuchs die Schule aus dem Heimzusammenhang heraus und schloss sich dem Bund der Freien Waldorfschulen an. 1983 erfolgte die Gründung der "Kleinen Schule", der heutigen Dr. Erich Fischer Schule. Als staatlich anerkannte Sonderschule mit Förderzeig konnte sie jetzt die Klassen 1 bis 9 aufnehmen. Mit dem Abschluss der zweiten Ausbauetappe im Jahre 1998 konnten die neuen Räumlichkeiten der heutigen Waldorfschule bezogen werden.